Thời kỳ Vương quốc

Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng không do Thủ tướng đứng đầu mà do nhà vua đứng đầu. Chỉ trong thời gian ông vắng mặt là Thủ tướng quyền Chủ tịch Hội đồng. Cho đến năm 1963, nhà vua luôn luôn chỉ định một trong những người thân của mình làm Thủ tướng Chính phủ. Đức Vua cũng có quyền bác bỏ hoặc chuyển giao chức vụ Thủ tướng. Điều này đã được thay đổi, nói rằng người đứng đầu Chính phủ Afghanistan là Thủ tướng Chính phủ và nội các bao gồm các vị Bộ trưởng của nó. Đây là lần đầu tiên nhà vua đã không đóng một vai trò quan trọng nào trong Chính phủ và trao nó lại cho một cơ quan dân cử. Tuy nhiên có ý kiến nói rằng họ không thể tham gia vào bất kỳ ngành nghề nào khác trong nhiệm kỳ chức vụ của họ. Hiến pháp năm 1963 còn cho Thủ tướng được quyền triệu tập Cử Tri Đoàn trong trường hợp nhà vua băng hà. Thủ tướng chỉ trả lời cho Wolesi Jirga về chính sách chung của Chính phủ và từng chức trách cá nhân theo quy định.

Thời kỳ Cộng hòa Dân chủ

Vào tháng 4 năm 1978, Mohammed Daoud Khan đã bị giết trong một cuộc đảo chính cộng sản đã bắt đầu cuộc Cách mạng Saur. Chính quyền cộng sản cho phục hồi chức vụ Thủ tướng vào năm đó và nó vẫn tồn tại trong suốt thời kỳ cộng sản và các chính phủ hậu cộng sản. Tổng thống phụ trách việc bổ nhiệm Thủ tướng Chính phủ và họ lần lượt bổ nhiệm Hội đồng Bộ trưởng. Mục đích đã nêu của Hội đồng là xây dựng và thi hành chính sách trong và ngoài nước, xây dựng kế hoạch phát triển kinh tế và ngân sách nhà nước và đảm bảo trật tự công cộng.

Theo Hiến pháp năm 1987, Tổng thống đã yêu cầu chỉ định Thủ tướng để thành lập Chính phủ. Thủ tướng có quyền giải tán chính phủ. Một số Tổng thống Afghanistan trong thời kỳ Cộng hòa Dân chủ Afghanistan còn được bổ nhiệm làm Thủ tướng. Với sự kiện Liên Xô xâm lăng Afghanistan, chức danh Thủ tướng đã không còn chịu trách nhiệm trong chính phủ. Tổng Bí thư Đảng Dân chủ Nhân dân Afghanistan hoặc Giám đốc KHAD lại có quyền lực lớn hơn. Ngoài ra, Hiến pháp năm 1990 được thiết lập cho rằng chỉ công dân sinh ra ở Afghanistan mới có đủ điều kiện nắm giữ chức vụ, vốn dĩ không được quy định trong các văn kiện trước đây.

Thời kỳ Cộng hòa Hồi giáo

Sau sự sụp đổ của Tổng thống Mohammad Najibullah, một nhà nước chuyển tiếp được tạo ra. Vì vậy chức vụ Thủ tướng một lần nữa lại đóng vai trò quan trọng trong lịch sử dân tộc. Do sự xích mích liên tục giữa Tổng thống và Thủ tướng trong thời kỳ này. Nhà nước đã sụp đổ và chẳng còn một chính phủ trung ương đủ mạnh từ năm 1992 đến năm 1996. Do đó chức vụ này chỉ còn mang tính nghi lễ với rất ít quyền lực trong những gì còn lại của Chính phủ. Chức danh Thủ tướng đã bị bãi bỏ khi Taliban chiếm được Kabul vào năm 1996 và lập nên Tiểu vương quốc Hồi giáo Afghanistan. Cấp Phó lãnh đạo của Taliban thường được gọi là Thủ tướng Chính phủ trong suốt thời kỳ cai trị của họ. Sau cái chết của Rabbani vào năm 2001, Taliban đã quyết định không khôi phục lại chức vụ này nữa.

Cho đến tháng 8 năm 1997, chính phủ vừa bị Taliban lật đổ vẫn còn trong cuộc nổi loạn cho đến khi chế độ Taliban chấm dứt vào năm 2001, đã có một Thủ tướng trong chính phủ nhưng chức vụ này mau chóng bị bãi bỏ. Tổng thống hiện tại của Afghanistan là Hamid Karzai, đôi khi được các phương tiện truyền thông quốc tế gọi là Thủ tướng trong những năm nhiệm kỳ tổng thống đầu tiên của ông.